就快放暑假了，小门生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，内里竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。
　　小咕会说人类的语言，几百年来他不停被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋侪，他们一起沐浴，一起用饭，一起睡觉。而别的家庭成员也担当了小咕，小河童成了上原一家的机密。
　　一天，小咕提出想回家和搭档们在一起。康一为了让小咕相识表面的天下，静静把它带了出去。小咕发明环境已经面貌全非，大吃了一惊，这个不得当就河童生存的地方底子就找不到搭档。看到小咕惆怅，康一也不好受。他和小咕一起外出观光，来到了还生存着河童传说的远野县。两人在美丽的大天然中找到了得当河童生存的地方，小咕舒畅地在清澈的河里游了起来，康一也为它高兴。但是，在这里也怎么都找不到别的河童。康一听到村民们说“捉住一只河童能得一千万呢！”，赶快带着小咕离开了那边。
　　回抵家，康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人听说上原家养着一只河童，肯定要照相。小咕的机密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司迫令肯定要让河童上电视。为了上原一家，小咕答应参加电视节目。然而在参加高朋里，它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐惊困绕的时间，电视节目现场产生了不测。它冒死逃到了表面，然而无论跑到那边都市看到黑糊糊的人群。
　　为了摆脱让它畏惧的人类，小咕爬上了东京塔。夏季的骄阳照得它精疲力竭。小咕俯瞰着都市，独自低语道：“那边都找不到一个寂静的地方，这里是人类的窝。我已经不可了。我要去爸爸那边……”