故事产生在明朝万积年间，德高望重受人敬仰的楚留香（朱孝天 饰）来到云来堆栈，探求天下第一玉人鱼尺素，同在堆栈的尚有身为各门派帮主的左又铮、西门千，以及龟兹王爷扎木合等人。劫难忽然到临，堆栈的一干人等均由于中了“天一神水”的毒而不治身亡。神水宫的宫南燕指认楚留香是幕后黑手。为了洗清身上的不白之冤，为鱼尺素报仇，楚留香开始观察变乱的原形。
　　在此进程中，楚留香结识了同样想替父亲札木合报仇的苏蓉蓉（胡静 饰），在联手探求线索的进程之中，苏蓉蓉渐渐倾慕于风骚倜傥的楚留香，然而楚留香心中恋慕的却是琳娘（秋瓷炫 饰），殊不知琳娘在她侠骨柔情的背后隐蔽了一个惊人的机密。