继承连续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时觉察错误后和史考莉勾通好来骗当局高层，以潜入一个“作为一个平凡FBI特别探员不应进入的地方”搜集必要的资料。本季生长越来越出色，一些没有被完全改革的混血外星人连合起来抵抗殖民诡计。史考莉被绑架时子宫被移除，但本年却出现了她的孩子——艾蜜莉。本年制作小组乃至找了两位着名科幻小说家操笔，客串写出两集脚本。别的本年也有一集笑剧。整出X档案为了共同影戏的上映，参加了一些脚色及内容，“辛迪加”构造的诡计越来越显着，穆德再一次靠近究竟的原形。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的干系做出庞大检验。该季竣事于吸烟人烧毁了全部X档案卷宗。