东京、大阪、京都相继产生杀人变乱，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭刹时杀害。警方参与观察，发明死者都是出没于3地专门偷窃闻名的佛像及美术品的偷窃团体“源氏萤”成员。该团体共有成员8名，以义经的家臣名字相互称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。
　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜束手无策。5名被杀者之一曾对与新一中分秋色的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件机密睁开观察，并借机找寻本身的初恋恋人。柯南与服部相遇联手观察时，发明有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这统统，好像又都与画谜有关。