为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海，昏倒中他飘到某座小岛，终极为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感触自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了救济整日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他逼迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋公布天下通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则急遽向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击，他一起披荆棘，将迎来与宿命的敌手志志雄终极的对决……
　　本片根据和月伸宏的同名经典漫画改编。